Cystoskopi under anestesi kan diagnostisere interstitiell cystitt. I utgangspunktet er blærens utseende og kapasitet normal, men etter blærefylling, tømming og påfylling observeres ofte spredte submukosale blødninger. Biopsi avslører patologiske endringer i det subepidermale laget, inkludert ødem, overbelastning, telangiektasi og perivaskulær interstitiell blødning. Det kan også bidra til å utelukke enkelte karsinomer in situ og tuberkuløse lesjoner. Ved lokalisert vulvitt er små erytematøse lesjoner tilstede på den laterale vestibylen av jomfruhinnen, mens resten av lesjonene er normale.
Akutt blærebetennelse viser seg også med blæreirritasjonssymptomer som urinfrekvens, haster og dysuri. Imidlertid er terminal hematuri vanlig, og urinen inneholder et stort antall hvite blodlegemer; urinkultur vil avsløre bakterier. Kjertelcystitt viser også blæreirritasjonssymptomer som urinfrekvens, haster og dysuri. Imidlertid kan ultralydundersøkelse avsløre fortykkelse av blæreveggen eller plass-opptar lesjoner i blæren. Cystoskopi avslører papillære strukturer i stedet for overfladiske sår, og biopsi kan bekrefte diagnosen. Blæretuberkulose kan også presentere seg som ekte sår, som ofte påvirker området rundt urinrørsåpningen på siden av den tuberkuløse nyren. Pyuri kan forekomme, og tuberkelbasiller kan finnes i urinen. Urinveisavbildning kan vise typiske forandringer som er karakteristiske for nyretuberkulose. Blæresår forårsaket av parasittiske sykdommer ligner interstitiell cystitt, og er generelt mer vanlig hos menn. Diagnose kan stilles basert på tilstedeværelsen av parasittegg i urinen eller typiske blærepatologiske trekk. Uspesifikk blærebetennelse viser seg sjelden med blæresår; pusceller og smittsomme bakterier er ofte funnet i urinen, og antibiotikabehandling er effektiv.
